Stromatolitter bliver dannet på næsten samme måde som thrombolitter: stromatolitter bliver også dannet som et biprodukt af eukaryote algers vækst. Stromatolitter bliver dannet i saltvand, hvor sediment bliver bundet af algerne til disse formationer, hvor imod thrombolitterne bliver dannet i ferskvand ved at algerne binder kalk fra vandet til lignende formationer.